大慈悲を
円満に表し
無量寿仏を有す

圓通寺本堂のご本尊は、無限に変身して、一切の衆生を救うといわれている「聖観世音菩薩」です。
聖観世音菩薩のご真言は「オン　アロリキャ　ソワカ」。
本堂には、ご本尊聖観音を含む西国三十三ヶ所のご本尊さまのミニチュア三十三躯七観音（聖、千手、馬頭、十一面、准胝、如意輪、不空羂索）を安永十年（今から約二百四十年前）にお迎えしており、同時に本尊脇侍として地蔵菩薩と不動明王を本尊宮殿に安置致しております。
　まず、堂内仏像配置については、本尊さまと南から北へ並べた三十二躯の仏像で西国霊場札所となります。
西国霊場奥の院の長野善光寺のご本尊は阿弥陀三尊であることから、圓通寺も向かって左側脇仏が阿弥陀如来であり、厨子内ではありますが脇侍として両扉に観音と勢至の両菩薩が描画され、阿弥陀三尊をなしております。
また、当寺の第二十六番一乗寺の聖観音は善光寺脇侍の聖観音の洋式（左手を上に向け右手を下に向かえ合わせに向ける）という、特徴のある印相をしていて、やはり善光寺と繋がりが深いのではないかと推察できます。
右側脇仏の弁天様（宇賀天神を頂く武装弁財天）は第三十番札所琵琶湖の竹生島の弁天様だと考えられます。志度寺には縁起絵巻六巻があり、海女の玉取物語という、悲しい物語があります。
その中に出てくる面向不背の玉が、奈良興福寺へ藤原不比等により奉納の後、竹生島に納められたもので、その護り本尊である弁天様をお迎えしたのではないかと考えられます。
事実、志度寺にも当寺北側に弁天堂が建っており、祀られていた経緯があります。
こう考えますと、西国霊場とその奥の院が一緒にあるのはやはり、小さいお堂の中に西国浄土を具現化しているのだと思われますし、より身近な場所にと考えたのではないかと思います。また、完全な西国霊場札所と奥の院を同時に巡拝できるということになるのです。

　　聖観世音菩薩（含本尊・地獄界）　三躯
　　千手観世音菩薩（餓鬼界）　　　十五躯
　　馬頭観世音菩薩（畜生界）　　　　一躯
　　十一面観世音菩薩（修羅界）　　　六躯
　　准胝観世音菩薩（人界）　　　　　一躯
　　如意輪観世音菩薩（天界）　　　　六躯
　　不空羂索観世音菩薩　　　　　　　一躯
　　阿弥陀如来(厨子絵図阿弥陀三尊)　 一躯